Abstract
The genetic diversity of the genus Crotalaria is unknown even though many species in this genus are economically valuable. We report the first study in which polymorphic expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers derived from Medicago and soybean were used to assess the genetic diversity of the Crotalaria germplasm collection. This collection consisted of 26 accessions representing 4 morphologically characterized species. Phylogenetic analysis partitioned accessions into 4 main groups generally along species lines and revealed that 2 accessions were incorrectly identified as Crotalaria juncea and Crotalaria spectabilis instead of Crotalaria retusa. Morphological re-examination confirmed that these 2 accessions were misclassified during curation or conservation and were indeed C. retusa. Some amplicons from Crotalaria were sequenced and their sequences showed a high similarity (89% sequence identity) to Medicago truncatula from which the EST-SSR primers were designed; however, the SSRs were completely deleted in Crotalaria. Highly distinguishing markers or more sequences are required to further classify accessions within C. juncea.Key words: Crotalaria germplasm, EST-SSR, genetic diversity, phylogeny.La diversité génétique au sein du genre Crotalaria est inconnue malgré le fait que plusieurs espèces aient une utilité économique. Les auteurs rapportent la première étude où des microsatellites de régions codantes (EST-SSR) polymorphes dérivés de Medicago ou du soya ont été employés pour examiner une collection de germoplasme de Crotalaria. Cette collection comprenait 26 accessions représentant quatre espèces caractérisées sur le plan morphologique. Une analyse phylogénétique a séparé les espèces en quatre groupes principaux essentiellement en conformité avec les espèces. Deux accessions étaient erronément classées au sein de Crotalaria juncea et Crotalaria spectabilis au lieu de Crotalaria retusa. Un nouvel examen morphologique a confirmé que ces espèces avaient été mal classifiées au moment de leur saisie ou de leur conservation et qu'elles appartenaient véritablement au C. retusa. Certains amplicons de Crotalaria ont été séquencés et leurs séquences montraient une grande similarité (89 % d'identité) avec les séquences de Medicago truncatula d'où provenaient les amorces microsatellites. Cependant, la portion microsatellite était absente chez Crotalaria. Des marqueurs offrant une plus grande discrimination et plus de séquences seront nécessaires afin de classer plus finement les accessions au sein de C. juncea.Mots clés : germoplasme du genre Crotalaria, EST-SSR, diversité génétique, phylogénie.[Traduit par la Rédaction]
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