Abstract
Candidate genes were identified for two loci, QRfs2 providing resistance to the leaf scorch called soybean (Glycine max (L.) Merr.) sudden death syndrome (SDS) and QRfs1 providing resistance to root infection by the causal pathogen Fusarium solani f.sp. glycines. The 7.5 ± 0.5 cM region of chromosome 18 (linkage group G) was shown to encompass a cluster of resistance loci using recombination events from 4 near-isogenic line populations and 9 DNA markers. The DNA markers anchored 9 physical map contigs (7 are shown on the soybean Gbrowse, 2 are unpublished), 45 BAC end sequences (41 in Gbrowse), and contiguous DNA sequences of 315, 127, and 110 kbp. Gene density was high at 1 gene per 7 kbp only around the already sequenced regions. Three to 4 gene-rich islands were inferred to be distributed across the entire 7.5 cM or 3.5 Mbp showing that genes are clustered in the soybean genome. Candidate resistance genes were identified and a molecular basis for interactions among the disease resistance genes in the cluster inferred.Key words: QTL, Gbrowse, fine map, resistance, soybean SDS, Fusaria.Des gènes candidats ont été identifiés pour deux locus : QRfs2 conférant chez le soja (Glycine max (L.) Merr.) la résistance à une brûlure foliaire appelée la mort soudaine (SDS, « sudden death syndrome ») et QRfs1 conférant la résistance à une maladie racinaire causée par le Fusarium solani f.sp. glycines (Fsg). Il a été montré qu'un segment de 7,5 ± 0,5 cM sur le chromosome 18 (groupe de liaison G) contenait un amas de gènes de résistance en analysant des événements de recombinaison survenus au sein de 4 populations de lignées quasi-isogéniques (NIL) à l'aide de 9 marqueurs. Les marqueurs ont permis d'ancrer 9 contigs physiques (7 de ceux-ci apparaissent sur Gbrowse alors que 2 n'y sont pas décrits), de séquencer 45 extrémités de BAC (dont 41 sur Gbrowse), et d'assembler 3 segments d'ADN génomique séquencé (315 kb, 127 kb et 110 kb). La densité génique était élevée : 1 gène aux 7 kb à proximité des régions déjà séquencées. Il en a été déduit qu'il y avait 3 à 4 îlots riches en gènes distribués au sein de la région de 7,5 cM (3,5 Mb), ce qui montre que les gènes sont groupés au sein du génome du soja. Des gènes de résistance candidats ont été identifiés et une base moléculaire pour les interactions parmi les gènes de résistance a été inférée.Mots clés : QTL, Gbrowse, carte physique fine, résistance, SDS soja, Fusaria.[Traduit par la Rédaction]
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