Abstract
To investigate sequence diversity of psittacine beak and feather disease virus, samples collected from 31 psittacine species with or without clinical signs were tested for the presence of the viral genome. A real-time polymerase chain reaction was developed amplifying a 202 base pair fragment of the region encoding the capsid protein C1 and detecting 100 to 1000 genome equivalents. The nucleotide sequences of the polymerase chain reaction products showed 84.1 to 100% identity with no consistent pattern with regard to the infected bird species. Amino acid exchanges were concentrated mainly in five of the 42 deduced positions. Sequences obtained from an outbreak of acute beak and feather disease in lories clustered in a separate branch of a phylogenetic tree. Sequences in samples from African grey parrots with feather disorders grouped together, whereas those from the same species with immunosuppression clustered in other branches. These results indicate the possible existence of beak and feather disease virus genotypes.RÉSUMÉAnalyse de la séquence nucléotidique d'un fragment du gène C1 du virus de la maladie du bec et des plumes des psittacidés, amplifié par une PCR en temps réel indique l'existence possible de génotypesPour étudier la diversité des séquences du virus de la maladie du bec et des plumes des psittacidés (BFDV), des échantillons ont été prélevés sur 31 espèces de psittacidés avec ou sans symptômes et ont fait l'objet d'une recherche du génome viral. Une amplification en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel a été développée, amplifiant un fragment de 202 bp de la région codant la protéine de capside C1 et détectant 100 - 1000 équivalents génome. Les séquences nucléotidiques des produits de PCR ont montré des identités de 84,1% - 100% et ne présentent pas de relation avec les espèces d'oiseaux infectés. Des échanges d'acides aminés ont été observés principalement dans cinq des 42 positions déduites. Les séquences obtenues d'un cas de BFD aiguë chez des loris ont été regroupées sur une branche à part de l'arbre phylogénétique. Les séquences obtenues d'échantillons de perroquets gris africains présentant des anomalies des plumes sont groupées, alors que celles obtenues de la même espèce présentant une immunodépression sont regroupées sur d'autres branches. Ces résultats indiquent l'existence possible de génotypes de BFDV.ZUSAMMENFASSUNGDie Nukleotidsequenzanalyse eines mittels Real-time-PCR amplifizierten C1-Genfragments des Virus der Schnabel- und Federkrankheit der Psittaziden weist auf eine mögliche Existenz von Genotypen hinZur Untersuchung von Sequenzdiversität beim Virus der Schnabel- und Federkrankheit der Psittaziden (BFDV) wurden Proben, die von 31 Psittazidenspezies mit und ohne klinische Symptome gewonnen worden waren, auf die Präsenz von viralem Genom getestet. Eine Real-time-Polymerasekettenreaktion (PCR) wurde entwickelt, die ein 202 bp-Fragment aus der Region, die das Kapsidprotein C1 kodiert, amplifiziert und 100-1000 Genomäqivalente entdeckt. Die Nukleotidsequenzen der PCR-Produkte zeigten eine Identität von 84,1-100 % ohne übereinstimmende Muster hinsichtlich der infizierten Vogelart. Ein Austausch von Aminosäuren war hauptsächlich auf 5 der 42 abgeleiteten Positionen konzentriert. Sequenzen, die bei einem akuten Ausbruch von BFD in Lories gewonnen worden waren, lagen in einem separaten Zweig des phylogenetischen Baums zusammen. Sequenzen aus Proben von afrikanischen Graupapageien mit Befiederungsstörungen befanden sich in einer Gruppe, während diejenigen aus derselben Spezies mit Immunsuppression in andere Zweige eingeordnet wurden. Diese Ergebnisse weisen auf die mögliche Existenz von BFDV-Genotypen hin.RESUMENEl análisis de la secuencia de nucleótidos de un fragmento del gen C1 del virus de la enfermedad del pico y las plumas de las psitácidas amplificado mediante PCR en tiempo real indica la posible existencia de genotiposPara investigar la diversidad en las secuencias del virus de la enfermedad del pico y las plumas de las psitácidas (BFDV), se testaron muestras tomadas de 31 especies de psitácidas con o sin signos clínicos para detectar la presencia del genoma vírico. Se puso a punto una técnica reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real que amplificara un fragmento de 202pb de la región que codifica la cápside de la proteína C1 y detectara 100-1000 genomas equivalentes. Las secuencias nucleotídicas de los productos de PCR mostraron una identidad del 84,1-100% sin un patrón regular con respecto a las especies de aves infectadas. Las sustituciones aminoacídicas se concentraron principalmente en cinco de las 42 posiciones deducidas. Las secuencias procedentes de un brote de BFD aguda en loros se agruparon en una rama separada en el árbol filogenético. Las secuencias de las muestras procedentes de yacos con alteraciones en las plumas se agruparon juntas, mientras que aquellas procedentes de las mismas especies con inmunosupresión se agruparon en otras ramas. Estos resultados indican la posible existencia de genotipos de BFDV.
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